bypass прибивал координату намертво: узел не двигался мышкой и его не брал layout. Найден штатный путь PUT .../nodes/{id} с телом-массивом (сверено по swagger и jar cy-rest-3.13.3). build и sync переведены на setPosition; новые узлы подвижны по умолчанию. В AGENTS.md исправлено ошибочное знание «работает только bypass».