Cytoscape 3.10.4 понимает hex как #AARRGGBB (альфа впереди); #RRGGBBAA (#FFFFFF00) он молча заменял на красный #C80000 — незалитые file-узлы выходили красными. Прозрачный исправлен на #00FFFFFF, зафиксировано в SCHEMA.md и комментарии config.mjs.